El J-3 inicia la mejora de los cambios agregados por Jamoneau, remplazando al J-2. Potenciado por un motor de 40 hp, en 1938 era vendido por casi 1000 dólares.

El inicio de las hostilidades en Europa en 1939, en conjunto con el creciente protagonismo que iba tomando Estados Unidos, en lo que pronto se convertiría en la Segunda Guerra Mundial, indujo la necesidad de comenzar con el Programa de Entrenamiento de Pilotos Civiles (CPTP por sus siglas en inglés), en el que el J-3 jugó un exitoso papel.

Equipados con distintos motores de cuatro cilindros opuestos, las principales variantes fabricadas según el motor, para este programa, fueron:

J-3C: Equipado con un motor Continental A-65.[2]

J-3F: Motorizado con un Franklin 4AC.

J-3L: Utilizaba el motor Lycoming O-145.

Además se fabricaron unos pocos aparatos que utilizaron el motor radial Lenape de 3 cilindros.

De esta manera, el Piper J-3 Cub se convierte en el principal entrenador de este programa, concentrando un 75% de los alumnos egresados (de un total de 435 165 alumnos). La creciente necesidad de pilotos aumenta de forma insaciable la demanda por los J-3. En 1940, un año antes del ingreso de Estados Unidos a la guerra, se fabricaron 3016 de estas aeronaves; sin embargo, en la época de guerra la demanda se acrecentó hasta tal punto que desde la planta salía un Piper J-3 Cub cada 20 minutos